काठमाडौं - कक्षा ९ मा पढ्दा नै २०४६ सालको जनआन्दोलनमा सक्रिय गगन थापाको राजनीतिक यात्रा भने क्याम्पस पढ्न थालेपछि सुरु भयो । त्रिचन्द्र क्याम्पसमा पढ्न थालेपछि उनी काँग्रेस निकट नेपाली विद्यार्थी संगठनमा लागे । नेविसंघको सदस्य भएसँगै २०५१ सालमा उनी त्रिचन्द्र स्वतन्त्र विद्यार्थी युनियनको सदस्यमा निर्वाचित भए । त्रिचन्द्र स्ववियुमा सदस्यसचिव हुँदै उनी सभापति बने ।
२०५५ सालमा स्ववियु सभापति भएपछि नेविसंघको केन्द्रीय राजनीतिमा उनको सहभागिता रह्यो । उनी नेविसंघको महामन्त्री बने । थापाले २०५९ सालदेखि २०६१ सालसम्म नेविसंघको महामन्त्री भएर काम गरे ।
०६४ को चुनावपछि समानुपातिक सभासद बनेका थापा दोस्रो संविधान सभाको निर्वाचनमा काठमाडौं–४ बाट निर्वाचित भए । दोस्रो संविधानसभामा कृषि तथा जलस्रोत समितिको सभापति बनेका थापा माओवादी केन्द्रका अध्यक्ष पुष्पकमल दाहाल ‘प्रचण्ड’ दोस्रो पटक प्रधानमन्त्री हुँदा स्वास्थ्यमन्त्री बनेका थिए ।
संसद र सरकारमा उनको उपस्थिति उपलब्धिमूलक र चर्चाको विषय बनिरह्यो । ०७४ को चुनावमा देशभर बाम गठबन्धन (एमाले– माओवादी)को लहरले पनि थापाको संसद यात्रामा ब्रेक लाउन सकेन । उनी काठमाडौं–४ बाट निर्वाचित भए ।
उनी काँग्रेसको १२ औं महाधिवेशनमा सबैभन्दा बढी भोट प्राप्त गरी केन्द्रीय सदस्य बन्न सफल भएका थिए । गगन १३ औँ महाधिवेशनमा पूर्व महामन्त्री कृष्णप्रसाद सिटौला समूहबाट महामन्त्रीमा उठेका थिए ।
महामन्त्रीमा पराजित भए पनि थापाले सम्मानजनक मत प्राप्त गरेका थिए । यसपटक भने उनी कोइराला परिवारको लिगेसीसँग आफूलाई जोडेर महाधिवेशनको मैदानमा उत्रिएका हुन् ।